南宋嘉泰元年（1201年），济公和尚到净慈寺，拜该寺第二十代住持德辉禅师为师，升座为书记（即佛寺西序六头首之二，负责文翰事务），僧俗四众称之为“济书记”。
嘉泰四年（1204年），净慈寺毁于大火，德辉禅师亦圆寂于火中。为了重建净慈寺，济公化缘筹备木材重建净慈寺。
净慈寺重建之后，虽然有比丘僧人住持，但是都为时不长。于是，济公和尚又撰文《致少林长老书》，称净慈寺“欲再成庄严圣地，须仰仗本色高人”，“敬致一函，求作禅林之主”。不久，少林妙崧至杭出任该寺第二十九代住持。人称“住持得人，名蓝有光”，皆出自济公的功德。
道济于宋嘉定二年（1209年）五月十六日这日在灵隐寺对长老住持说道：“弟子今天要回去了，劳烦住持到时将我入殓火化。”
灵隐寺的长老听说了，答应了济公的要求。于是济公和尚就盘腿而坐，念了几句佛号就身体僵着不动了。长老和一些和尚弟子摸了摸济公的手腕处，发觉已经没有脉搏了。断然已经气绝身亡—佛教称为圆寂。据说得年六十或是七十八，或者是按照他出家的时候僧腊算起来。
济公显现圆寂，他在临终前曾作一偈云：六十年来狼籍，东壁打到西壁。如今收拾归来，依旧水连天碧。
众僧将济公和尚的法体入龛，济公和尚的一些弟子和曾经受济公帮助的善男信女皆来灵隐寺悼念哭泣济公和尚。
济公和尚圆寂后的第四天，众僧建水陆道场法会，为其助增功德，选八月十六日出丧。
到了那天，众人将龛开启，鼓乐声响，将济公和尚法体送到虎跑山处。
僧人中的长老对济公和尚的法体面前说道：“道济多年以来，虽不守戒律，但扶危济困，多做功德，临圆寂之时，坐脱立化，留辞偈，出凡入圣之流。”
说罢，那长老持火然后将济公和尚其法体火化。
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