打破功勋官绅特权，是朱由校既定的国策方针，这决不能更改，不管你们愿不愿意都必须执行。朱由校不管他们在下面跪呼“请陛下收回成命，恪遵祖宗成法”之类的话，提高嗓门大声道：“户部清查京畿地区田地三日登记造册，天启二年起按亩征收赋税，每亩输粮五斗，按照官价计征银钱，徭役可按价折算，丁银以亩计收，废除以丁计收。泰昌元年十一月，全国清丈田亩，天启元年十一月完成，天启二年赋税征收按新法，饬令各省奉行，怠惰执行不力者，巡抚州县主官一律罢免拿京问罪！”
这是明显的“一条鞭法”的核心内容，正是张居正当年改革的重心，大臣们对此并无多大异议，因为征税只不过是把交实物换算成了银钱而已。大臣们感到新颖的是取消丁课，也就是取消了人头税，按亩计收，这也就是历史上著名的“摊丁入亩”。
朱由校的金口一出，诸大臣震惊。孙承宗更是叫苦不迭，要推行全国阻力可不是一般的大了，也不像京畿地区这样，好歹是硬着头皮完成了，元老重臣及有名的土地大豪绅的田地主要集中在南方，还有不少藩王的田地也在南方，这必然触动他们的根本利益，可见这将是一场不可见的刀光剑影。
朱由校的话说完，大殿内鸦雀无声，片楞之后无人回应，诸大臣都在看着孙承宗。孙承宗更是凝神沉重，他知道，皇帝已经将他推到了大臣们的对立面了，谁都看得出来，此时就孙承宗几个是皇帝身边的红人了。
朱由校见无人应道，又大声喊道：“户部何在！”
孙承宗惊榷，在众人的注目下，他艰难的走了出来，忐忑跪下。孙承宗此时已经入阁兼任户部尚书，无疑这艰巨的责任由他去担。
朱由校见到孙承宗出班列跪在方从哲旁，大声问道：“朕的话户部听清了吗？”
孙承宗伏地叩请，毫无底气的回道：“微臣领旨。”
虽然声音较小，但在如此安静的殿内都能听清。
散朝后，大臣们满腔的哀怨之气在午门外发泄了出来，许多大臣们对方从哲不能力谏皇帝表示不满，也对孙承宗极为讽刺。
回到内阁，三位阁臣，方从哲、韩爌、孙承宗在一起明显分成两派，孙承宗自不必多言，孤单影只，面对三人不满的眼神，深感不安。
方从哲首先开口说话，“我等受先帝厚恩，遗命辅佐天子。如今天子年少，不懂治国，违背祖制，征缴功勋之家赋税，这必使天下寒心，将来谁还肯为朝廷效力。我身为内阁首辅，不可坐视不管，对皇帝的的旨意，内阁决定封驳，不予执行下达，众位以为如何？”
方从哲是“浙党”之首，韩爌是东阁大学士，东林党元老，孙承宗与“东林党”关系密切，内阁三位辅臣虽然关系不睦，争争吵吵，底下的人也是互相倾轧，但在土地清丈和统一赋税问题上方从哲和韩爌是一致，那就是反对！干了这多年的阁老大臣谁家没点良田，谁愿意缴赋税？！孙承宗家中资产少，对他来说无所谓。
方从哲和韩爌铮铮的看着孙承宗，意思是我们俩已经决定“封驳”皇帝旨意，你呢？
孙承宗一阵惊悚，他预感这事将会掀起一场政治风波，虽然同为阁臣，他只不过在最末位，朝中多数大臣皆出自他们俩门下，自己不过形单影只，能听他点话的只有户部的一些皇帝从“京师学堂”新提拔的几个官员，可这些官员是一支新生力量，根基不牢固，根本没什么力度。
孙承宗看着两人在逼自己，只得向两人俯身道：“在下只知奉旨办事，其它一概不问。”
“哼！”韩爌一甩袖子忿然，“你是帝师，说话最有分量却置之度外，如果孙阁老愿意与我等共同劝谏皇上，必能使皇上回心转意，为天下计，孙阁老不应置身度外！”
被韩爌一阵斥责，孙承宗也愤慨，挺身回道：“皇上欲重振大明。天下滋生人丁，土地无所复加，而官僚豪绅强占土地，霸占民田，多有不输捐者，致朝廷财政日益枯竭，百姓不堪负重流离失所，土地荒芜，豪绅复占土地，如此反反复复，流民日增，盗寇匪患不断。贫者益贫，富者益富，长此以往，国将不国。两位大人是朝廷重臣，为何不为君分忧，营小利而忘国家大义！”
孙承宗的一番慷慨陈词说的方从哲和韩爌面面相觑，无话可驳，脸是红一阵绿一阵，憋的半天说不出话来。良久，面对孙承宗毫不示弱的眼神，方从哲怒道：“天下无忠臣义士，何人保江山社稷！流民盗匪不过乌合之众，滋事扰民，不足以体恤！”
孙承宗也毫不示弱，不卑不亢，道：“首辅之言差矣，天下安定，百姓丰衣足食，谁愿意去当流民盗匪？自古官逼民反，水能载舟亦能覆舟，此乃古训，首辅应体恤民情！”
孙承宗的话让方从哲无地自容，韩爌也是怔愣了起来，无言以驳。
方从哲是首辅，尊严还在，他被孙承宗驳的颜面尽失，顿时怒不可遏，一拍桌子怒起，“我是首辅！你不愿请愿就请自便！内阁决议不可更改！你们户部难道要与天下官员作对吗？！”
“这天下是皇上的！”孙承宗愤然一句。
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